Berechnung von freien Energie Flächen am Beispiel des Alanin-Dipeptides

Abstract

In der vorliegenden Arbeit wurde ein Verfahren zur Bestimmung der Freien Energie Fläche von Peptiden am Beispiel des Alanin-Dipeptids und des Glycin-Dipeptides vorgestellt. Durch die Berechnung von gemittelten Kräften entlang eingeschränkter Reaktionskoordinaten eines Systems/Moleküls und der anschliessenden numerischen Integration erhält man eine Funktion, die die Freie Energie in Abhängigkeit von den eingeschränkten Reaktionskoordinaten angibt. Vorteile dieser Methode sind der Erhalt einer kontinuierlichen Potentialfunktion und das Wegfallen des Nachbearbeitens der Daten, wie es beispielsweise beim US der Fall ist (vlg. [Roux95]). Anhand von Vergleichen mit vorhandenen Arbeiten konnte festgestellt werden, dass die entwickelte Methode prinzipiell geeignet ist, um aus restrainten MD Simulationen die gewünschten Freien Energie-Flächen zu berechnen. Da bei der Berechnung der Ergebnisse lediglich kurze Trajektorien herangezogen